Развитие рыночных отношений в экономике потребовало изменения основ системы безналичных расчетов, в том числе принципов их организации. Первый принцип безналичных расчетов в рыночных условиях хозяйствования состоит в их осуществлении по банковским счетам, которые открываются клиентам для хранения и перевода средств. Названный принцип отличается от принципа безналичных расчетов плановой системы хозяйствования, суть которого заключалась в проведении всех расчетов предприятий и организаций через учреждения банка. Последнее вытекало из требования обязательности хранения денег на счетах в банке всеми предприятиями и организациями, что соответствовало административно-командным методам управления экономикой.

В рыночных условиях хозяйствования проведение расчетов через банк должно обусловливаться экономической целесообразностью, сочетаться с экономической самостоятельностью субъектов рынка и их материальной ответственностью за свои действия. Важно подчеркнуть, что первый принцип безналичных расчетов в условиях рынка имеет отношение как к юридическим, так и физическим лицам, в то время как раньше он касался исключительно юридических лиц, поскольку существовало четко законодательное разграничение сферы наличного и безналичного оборота.

Второй принцип безналичных расчетов заключается в том, что платежи со счетов должны осуществляться банками по распоряжению их владельцев в порядке установленной ими очередности платежей и в пределах остатка средств на счете. Однако в связи с ухудшением платежной дисциплины в хозяйстве в условиях спада производства, инфляционных процессов на основании Указа Президента Российской Федерации от 23 мая 1994 г. № 1005 “О дополнительных мерах по нормализации расчетов и укреплению платежной дисциплины в народном хозяйстве” ЦБР с 1 июля 1994 г. вновь была установлена календарная очередность платежей с расчетных счетов клиентов (за исключением выплат денежных средств на неотложные нужды, платежей в бюджеты всех уровней, а также в Пенсионный фонд РФ, которые должны осуществляться в первоочередном порядке). Эта административная мера является временной и в основном продиктована заботами Правительства РФ о полноте и своевременности формирования в данный период развития экономики доходной базы бюджета и обеспечения необходимых расходов в интересах поддержания приоритетных и жизнеобеспечивающих отраслей хозяйства.